Структура НКГБ СССР была определена решением Политбюро ЦК ВКП(б) П40/91 и объявлена постановлением СМ СССР №1881-792сс от 14 апреля 1943 г. в следующем виде:

• Секретариат
• 1-е Управление (разведка)
• 2-е Управление (контрразведка)
• 3-е Управление (транспортное)
• 4-е Управление (диверсионное)
• 5-е Управление (шифровально-дешифровальное)
• 6-е Управление (охрана)
• Управление коменданта Московского Кремля
• Административно-хозяйственно-финансовое управление
• Следственная часть по особо важным делам
• Отдел «А» (учетно-архивный)
• Отдел «Б» (применение оперативной техники)
• Отдел «В» (перлюстрация корреспонденции)
• Отдел кадров

Приказом НКГБ №00548 от 15 ноября 1945 г. создан Отдел «К» (по контрразведывательному обеспечению объектов атомной промышленности);

Совместным приказом НКГБ/НКВД №0013/0031 от 9 января 1946 г. в НКГБ из НКВД было передано Особое бюро при Наркоме (диверсии);

Совместным приказом НКГБ/НКВД №0014/0032 от 10 января 1946 г. в НКГБ из НКВД был передан отдел «С» (разведка по атомной проблеме);

Приказом МГБ №00134 от 15 апреля 1946 г. 6-е Управление разделено на Управление Охраны №1 (личная охрана И.В.Сталина, на базе 1-го отдела) и Управление Охраны №2 (охрана остальных высших руководителей);

Решением Политбюро ЦК ВКП(б) П51/IV от 4 мая 1946 г. была проведена крупная реорганизация. 1-е и 2-е Управления преобразованы в Главные управления, на базе ГУКР СМЕРШ Министерства Вооруженных Сил создано 3-е Главное Управление, отдел кадров преобразован в Управление, 3-е Управление – в Транспортное Управление, 5-е Управление переименовано в 6-е, на базе отделений отдела «Б» созданы отделы «Д» (экспертиза и изготовление документов) и «Р» (радиоконтрразведка), на базе 5-го отдела 2-го Управления – отдел «О» (оперативная работа среди духовенства), на базе 4-го Управления – отдел «ДР» (диверсионная разведка), вновь созданы 4-е (розыскное) и 5-е (оперативное) Управления, отдел «Т» (по борьбе с терроризмом), Инспекция при Министре и Юридическое бюро. Планировалось создание отдела «ДН» (дезиноформация).

Позднее, решением Политбюро ЦК ВКП(б) П53/39 и постановлением СМ СССР №1881-792сс от 20 августа 1946 г. из МВД был передан секретариат Особого совещания при Министре и создан Отдел оперативной техники, АХФУ разделено на Управление делами, Хозяйственное управление и финансовый отдел. 27 сентября 1946 г. создан Тюремный отдел. 9 октября 1946 г. было расформировано прежнее 4-е Управление. В ноябре 1946 г. Особое бюро при Министре было преобразовано в Службу «ДР». 25 декабря 1946 г. Управления Охран №1 и №2 и УКМК вошли в состав вновь образованного Главного управления охраны. Во второй половине 1946 г. отдел «С» вошел в состав ПГУ. В итоге к концу 1946 г. структура МГБ приняла следующий вид:

• Секретариат
• Секретариат ОСО при Министре
• Инспекция при Министре
• Юридическое бюро при Министре
• 1-е Главное управление (разведка)
• 2-е Главное управление (контрразведка)
• 3-е Главное управление (военная контрразведка)
• 4-е Управление (розыскное)
• 5-е Управление (оперативное и секретно-политическое)
• 6-е Управление (шифровально-дешифровальное)
• Транспортное управление
• Главное управление охраны
• Следственная часть по особо важным делам
• Отдел «А» (учетно-архивный)
• Отдел «Б» (применение оперативной техники)
• Отдел «В» (перлюстрация корреспонденции)
• Отдел «Д» (изготовление и экспертиза документов)

• Служба «ДР» (диверсионно-разведывательный)
• Отдел «К» (контрразведывательное обеспечение объектов атомной промышленности)

• Отдел «О» (оперативная работа среди духовенства)
• Отдел «Р» (радиоконтрразведка)

• Отдел «Т» (борьба с терроризмом)
• Отдел оперативной техники
• Тюремный отдел
• Управление делами
• Хозяйственное управление
• Управление кадров
• Финансовый отдел

Впоследствии происходили следующие изменения:

• Совместным приказом МВД/МГБ №0074/0029 от 21 января 1947 г. из МВД в МГБ были переданы внутренние войска. В составе МГБ было образовано Главное управление внутренних войск.
• Постановлением СМ СССР №1789-470сс от 30 мая 1947 г. на базе ПГУ МГБ и ГРУ Генштаба ВС СССР был создан Комитет информации при СМ СССР.
• Приказом МГБ №00322 от 19 июня 1947 г. на базе Транспортного управления было создано Главное управление охраны на железнодорожном и водном транспорте.
• Совместным приказом МВД/МГБ №00897/00458 от 26 августа 1947 г. из МВД были переданы Управление войск правительственной связи и Отдел правительственной связи.
• Приказом МГБ №332 от 28 июля 1948 г. создана Центральная бухгалтерия.
• Приказом МВД №00401 от 29 марта 1949 г. из МВД было передано Государственное хранилище ценностей (Гохран), для его руководства приказом МГБ №00130 от 21 апреля 1949 г. был образован Спецотдел МГБ;
• Приказом МГБ №00293 от 10 сентября 1949 г. на базе отделов наружного наблюдения и установки 5-го Управления создано 7-е Управление.
• Приказом МГБ №00333 от 17 октября 1949 г. на базе подразделений КИ при СМ СССР создано 1-е Управление МГБ (внешней контрразведки). В тот же день из МВД были переданы Главное управление милиции, ГУПВ и Военно-строительное управление.
• 19 октября 1949 г. на базе 6-го Управления МГБ и дешифровально-разведывательной службы Генштаба Вооруженных Сил создано Главное управление специальной службы (ГУСС) при ЦК ВКП(б). 15 ноября 1949 г. 6-е Управление было упразднено.
• 6 декабря 1949 г. – Отдел «О» вошел в состав 5-го Управления.
• Приказом МГБ №0035 от 11 января 1950 г. был создан шифровальный отдел. Приказом МГБ №00443 от 18 августа 1950 г. он был переименован в Отдел «С»;
• Постановлениями Политбюро ЦК ВКП(б) от 9 сентября 1950 г. Отдел «ДР» был расформирован, на его базе приказами МГБ от 28 сентября 1950 г. были созданы Бюро №1 (спецоперации за рубежом) и Бюро №2 (спецоперации внутри страны)
• Приказом МГБ №00552 от 16 ноября 1950 г. было создано 9-е Управление (по обслуживанию спецпоселенцев);
• В 1950 г. Управление военного снабжения было выведено из состава ГУВВ и преобразовано в Управление военного снабжения МГБ;
• Приказом МГБ №0034 от 19 мая 1951 г. Главное управление внутренних войск было преобразовано в Главное управление внутренней охраны с включением в его состав Управления войск правительственной ВЧ-связи;
• Приказом МГБ №00783 от 27 октября 1951 г. был создан мобилизационный отдел;
• Приказом МГБ №00796 от 2 ноября 1951 г. на базе 1-го Управления и подразделений Комитета информации при МИД СССР восстановлено 1-е Главное управление;
• Приказом МГБ №00100 от 14 февраля 1952 г. на базе Управления делами и ХОЗУ были образованы Административно-хозяйственное управление и Плановый отдел;
• В апреле 1952 г. на базе Спецбюро секретариата создано Спецбюро при Министре (аналитическое);
• Приказом МГБ №00329 от 23 мая 1952 г. Главное управление охраны было преобразовано в Управление охраны;
• Приказом МГБ №00383 от 7 июня 1952 г. было создано Управление учебных заведений;
• Приказом МГБ №00763 от 12 сентября 1952 г. было создано Главное управление по контролю и инспектированию ведомственной охраны;
• Решением Бюро Президиума ЦК КПСС БП 7/12-оп от 30 декабря 1952 г, объявленным приказом МГБ №00293 от 5 января 1953 г. на базе 1-го и 2-го Главных управлений, Бюро №1, Отдела оперативной техники, отделов «Д» и «Р» и подразделений 4-го, 5-го и 7-го Управлений было создано Главное разведывательное управление (решение фактически не вступило в силу из-за смерти И.В.Сталина)
• Приказом МГБ №0085 от 26 января 1953 г. было создано Центральное бюро по рационализации и изобретательству.

Таким образом, к 5 марта 1953 г. структура МГБ имела следующий вид:

• Секретариат
• Секретариат ОСО при Министре
• Инспекция при Министре
• Юридическое бюро при Министре
• Спецбюро (аналитическое)
• Главное разведывательное управление
• 3-е Главное управление (военная контрразведка)
• 4-е Управление (розыскное)
• 5-е Управление (секретно-политическое)
• 7-е Управление (наружное наблюдение)
• 9-е Управление (по обслуживанию спецпоселенцев)
• Главное управление охраны на железнодорожном и водном транспорте
• Управление охраны
• Следственная часть по особо важным делам
• Отдел «А» (учетно-архивный)
• Отдел «Б» (применение оперативной техники)
• Отдел «В» (перлюстрация корреспонденции)
• Отдел «К» (контрразведывательное обеспечение объектов атомной промышленности)
• Отдел «С» (шифровальный)
• Отдел «Т» (борьба с терроризмом)
• Бюро №2 (спецоперации внутри страны)
• Спецотдел (Государственное хранилище ценностей)
• Тюремный отдел
• Главное управление милиции
• Главное управление пограничных войск
• Главное управление внутренней охраны
• Главное управление по контролю и инспектированию ведомственной охраны
• Военно-строительное управление
• Управление военного снабжения
• Мобилизационный отдел
• Отдел правительственной связи
• Управление кадров
• Управление учебных заведений
• Административно-хозяйственное управление
• Плановый отдел
• Финансовый отдел
• Центральная бухгалтерия
• Центральное бюро по рационализации и изобретательству

Источник: А.И.Кокурин, Н.В.Петров, «Лубянка: Органы ВЧК-ОГПУ-НКВД-НКГБ-МВД-КГБ. 1917 – 1991»