Контрразведка на транспорте. В ходе реорганизации МГБ 4 мая 1946 г. 3-е Управление лишилось номера и переименовано в Транспортное управление. Совместным приказом МВД и МГБ №0075/0030 от 21 января 1947 г. Управлению была подчинена транспортная милиция. Приказом МГБ №00322 от 19 июня 1947 г. Управление было преобразовано в Главное управление охраны МГБ на железнодорожном и водном транспорте. Положение и структура объявлены приказом МГБ №00324 от 21 июня 1947 г.

Начальники:
1. МИЛЬШТЕЙН Соломон Рафаилович (12 мая 1943 – июнь 1947 г.), комиссар ГБ 3-го ранга, с 9 июля 1945 г. – генерал-лейтенант;
2. ВАДИС Александр Анатольевич (27 ноября 1947 – 3 января 1951 г.), генерал-лейтенант [1];
3. ГОГЛИДЗЕ Сергей Арсеньевич (3 января – 18 сентября 1951 г.), генерал-полковник;
4. МАКАРЬЕВ Петр Павлович (18 сентября 1951 – 17 сентября 1952 г.), полковник;
15 сентября 1952 – 12 марта 1953 г. – вакансия;

С.Р.Мильштейн	А.А.Вадис	С.А.Гоглидзе	П.П.Макарьев

Заместители начальника:
КЛЕПОВ Сергей Алексеевич (21 мая 1943 – июнь 1946 г.), комиссар ГБ, с 9 июля 1945 г. – генерал-майор;
ПРОНИН Илья Филиппович (21 мая 1943 – 4 апреля 1951 г.), полковник ГБ, с 6 июля 1945 г. – полковник;
ВОЛКОВ Александр Петрович (19 ноября 1943 – 15 июля 1946 г.), полковник ГБ, с 6 июля 1945 г. – полковник;
ТИХОНОВ Борис Сергеевич (14 февраля 1948 – 2 июля 1952 г.), подполковник или полковник;
МАЖАРА Николай Константинович (23 августа 1951 – 20 марта 1953 г.), капитан, майор, подполковник, возм. полковник;
КИРЕЕВ Тихон Андреевич (2 октября 1951 – 20 марта 1953 г.), полковник, с 1952 г. – полковник ГБ;

Помощники (Заместители) начальника по кадрам – начальники отдела кадров:
(В 1948 или 1949 г. вместо должности помощника была введена должность заместителя начальника по кадрам)
САМЫГИН Дмитрий Семенович (22 сентября 1947 – 6 августа 1948 г.), генерал-майор;
ФИЛОНОВ Владимир Михайлович (18 февраля 1949 – 13 сентября 1952 г.), подполковник или полковник;
ЕГОРОВ Михаил Иванович (13 сентября 1952 – 14 апреля 1953 г.), с 1952 г. – полковник ГБ;

С.А.Клепов	И.Ф.Пронин	А.П.Волков
Б.С.Тихонов	Н.К.Мажара	Т.А.Киреев
Д.С.Самыгин	В.М.Филонов	М.И.Егоров

Структура:
(с мая 1943 г.)

• 1-й отдел (железнодорожный транспорт)
• 2-й отдел (водный транспорт)
• 3-й отдел (связь, ГВФ, автотранспорт)
• 4-й отдел (розыск)
• 5-й отдел (следственный)
• 6-й отдел (оперативной техники)
• 7-й отдел (оперативный)
• 8-й отдел (оперучет)

Приказом МГБ №00324 от 21 июня 1947 г. была объявлена новая структура:

• Секретариат
• Инспекция при начальнике
• Управление охраны на железнодорожном транспорте
• Управление охраны на водном транспорте
• Следственная часть
• Служба наружного наблюдения и установки
• Служба оперативной техники
• Учетно-информационный отдел
• Отдел кадров

Приказом МГБ №00902 от 14 октября 1952 г. была введена новая структура. Согласно ей, Управления охраны на железнодорожном и водном транспорте и Служба наружного наблюдения и установки упразднялись, вместо них были созданы две пары отделов – по агентурно-оперативной работе и по розыску государственных преступников на железнодорожном и на водном транспорте. Следственная часть также была преобразована в отдел. Все отделы получили номера. Новая структура приняла следующий вид:

• 1-й отдел (по агентурно-оперативной работе на железнодорожном транспорте)
• 2-й отдел (по розыску государственных преступников на железнодорожном транспорте)
• 3-й отдел (следственный)
• 4-й отдел (по агентурно-оперативной работе на водном транспорте)
• 5-й отдел (по розыску государственных преступников на водном транспорте)
• Отдел кадров

Источник:  Н.В.Петров, Кто руководил органами госбезопасности, 1941 – 1954 : Справочник;

[1] В июне – 27 ноября 1947 г. и.о. начальника – С.Р.Мильштейн