Пограничная стража была передана в состав ФМВД из ФМНО 1 января 1972 г. приказом ФМВД №66 от 23 декабря 1971 г. Руководство ей осуществляло Командование пограничной стражи (Velitelství Pohraniční stráže), а с 15 июня 1973 г. – Главное управление Пограничной стражи и охраны государственных границ (Hlavní správy Pohraniční stráže a ochrany státních hranic).

Основной единицей Пограничной стражи являлись бригады ПС, которые несли войсковую охрану границ с капиталистическими странами (ФРГ и Австрией):

• 4-я бригада ПС (Зноймо)
• 5-я бригада ПС (Хеб)
• 7-я бригада ПС (Сушице)
• 9-я бригада ПС (Домажлице)
• 11-я бригада ПС (Братислава)
• 12-я учебная бригада ПС (Плана)
• 15-я бригада ПС (Ческе-Будеёвице)

Контроль за границами с ГДР, Польшей, СССР и Венгрией осуществляли территориальные отделения (затем отделы и с 1 января 1983 г. – Управления) охраны госграниц краевых УКНБ.

Учебные заведения ПС:

• Офицерская школа пограничной стражи в Голешове (důstojnická škola Pohraniční stráže Holešov). Создана в 1973 г., с 1974 г. – III факультет ВШ КНБ

• Офицерская и прапорщицкая школа КНБ, ПС и войск МВД в Голешове (Důstojnickou a praporčickou školu SNB, Pohraniční stráže a vojsk MV v Holešově) (с 1986 г.)