Первоначально погранвойска состояли из 11 пограничных бригад (Grenzbrigade) и 2 полков: 6 бригад – на западной границе с ФРГ, 3 бригады образовывали кольцо вокруг Берлина, 1 бригада и 1 полк – на границе с Чехословакией, 1 полк – на границе с Польшей и 1 бригада – на побережье Балтийского моря:

• 1-я пограничная бригада (Берлин-Трептов)
• 2-я пограничная бригада (Гросс-Глиннике)
• 3-я пограничная бригада (Перлеберг, окр.Шверин)
• 5-я пограничная бригада (Кальбе, окр.Магдебург)
• 6-я пограничная бригада (Росток)
• 7-я пограничная бригада (Магдебург)
• 9-я пограничная бригада (Эрфурт)
• 11-я пограничная бригада (Майнинген, окр. Зуль)
• 12-я пограничная бригада (Пирна, окр. Дрезден)
• 13-я пограничная бригада (Рудольштадт, окр. Гера)
• 18-й пограничный полк (Франкфурт-на-Одере)
• 19-й пограничный полк (Пирна, окр. Дрезден)
• Учебный батальон связи (Nachrichtenausbildungsbataillon)

1-я и 2-я бригады остались в оперативном подчинении МВД;

В ноябре 1961 г. 6-я пограничная бригады была переименована в береговую пограничную бригаду и передана в оперативное подчинение командованию ВМС;

23 августа 1962 г. 1-я и 2-я бригады были переданы в оперативное подчинение городской комендатуре столицы ГДР Берлина;

В мае 1964 г. началось формирование трех пограничных авиазвеньев, вооруженных вертолетами SM-1 (Ми-4) – «Север», «Юг» и «Берлин». Они встали на боевое дежурство в феврале 1965 г. Осенью 1965 г. звено «Берлин» было расформировано из-за протестов властей Западного Берлина.

1 декабря 1962 г. была сформирована 4-я пограничная бригада (Потсдам), также в подчинении городской комендатуре столицы ГДР Берлина;

В 1966 г. 4-я бригада была расформирована;

В начале 1971 г. приказом Министра национальной обороны №138/70 от 27 октября 1970 г. были созданы три пограничных командования, приказом начальника погранвойск №5/71 от 5 февраля 1971 г. бригады (кроме 6-й береговой) были расформированы, полки подчинены командованиям. В апреле 1971 г. оба оставшихся авиазвена были объединены в 16-ю вертолетную эскадрилью (Hubschrauberstaffel-16), также 15 апреля 1971 г. учебный батальон связи был обращен на формирование VII унтер-офицерской школы. Таким образом, с 1971 г. погранвойска имели следующий состав:

• Пограничное командование «Север» (Grenzkommando Nord)
• Пограничное командование «Центр» (Grenzkommando Mitte)
• Пограничное командование «Юг» (Grenzkommando Süd)
• 6-я береговая пограничная бригада (6. Grenzbrigade Küste)
• 16-я вертолетная эскадрилья (Hubschrauberstaffel-16)

1 декабря 1971 г. был создан 16-й центр связи командования (Kommandonachrichtenzentrale-16);

1 декабря 1981 г. был создан 16-й батальон охраны и обеспечения (Wach- und Sicherungsbataillon 16);

Помимо перечисленных, к 1989 г. существовали следующие подразделения, даты формирования которых не установлены:

• Военная государственная прокуратура (Militärstaatsanwalt)
• Штабной музыкальный корпус (Stabsmusikkorps)
• 6-я часть радиоразведки (Funkaufklärungstrupp 6)
• 9-я часть радиоразведки (Funkaufklärungstrupp 9)
• 16-й батальон штаба и снабжения (Stab- und Versorgungsbataillon 16)
• 16-я ремонтная рота (Wartungskompanie 16)
• 16-я радиослужба (Funkdienst 16)
• 16-й вычислительный центр (Rechenzentrale 16)
• 16-я авторота (Kfz-Kompanie 16)
• 16-я рота пропаганды (Propagandakompanie 16)
• 16-я мастерская инженерных средств (Pionierwerkstatt 16)
• Дежурная унтер-фоицерская и офицерская рота (UvD- und OvD- Wachkompanie)
• Рота ремонта средств связи (Nachrichteninstandsetzungskompanie)
• Склад одежды и снаряжения и 3 склада снабжения
• Гостиница при командовании, 4 санатория, общежитие и пионерский лагерь

16 июня 1989 г. Национальный совет обороны ГДР принял решение о новой реорганизации погранвойск, вместо существующих погранкомандований планировалось создать командования 6 пограничных округов (Grenzbezirkskommando):

• 1-й пограничный округ (Шверин)
• 2-й пограничный округ (Стендаль)
• 3-й пограничный округ (Эрфурт)
• 4-й пограничный округ (Зоннеберг, затем Зуль)
• 5-й пограничный округ (Гера)
• 7-й пограничный округ (Плауэн)

Реорганизацию планировалось завершить к 1 декабря 1989 г., однако из-за фактического начала аннексии ГДР Западной Германией пограничные вопросы потеряли смысл.