Приказом Наркома обороны СССР №0033 16 февраля 1942 г. структура ГРУ была объявлена в следующем виде.

• 1-е Управление (агентурная разведка)
• 2-е Управление (информационное)
• Отдел внешних сношений
• Отдел спецзаданий
• Отдел спецсвязи
• Отдел военной цензуры
• Политотдел
• Отдел кадров
• Контрольно-финансовый отдел
• Отдел материально-технического обеспечения

В августе 1942 г. из 1-го Управления было выделено новое 3-е Управление (агентурная разведка на временно оккупированной территории), в ведении 1-го Управления осталась агентурная разведка за границей;

Приказом Наркома обороны СССР №00222 от 23 октября 1942 г. отдел военной цензуры был выведен из состава ГРУ;

В ноябре 1942 г. 2-е и 3-е Управления поменялись номерами, отделы внешних сношений и спецзаданий были выведены из состава ГРУ;

В апреле 1943 г. 2-е Управление было передано в Разведывательное управление Генштаба, 3-е Управление вновь сменило номер на 2-е;

В июне 1945 г. в состав ГРУ вошло Разведуправление Генштаба, на базе которого были созданы 2-е (войсковая разведка) и 3-е (приграничная агентурная разведка) Управления. 2-е Управление сменило номер на 4-е, из его состава было выделено новое 5-е Управление (военно-техническая информация);

В апреле 1946 г. в связи с ликвидацией Министерства ВМФ, ГРУ были переданы функции Разведуправления Главного морского штаба, что вновь вызвало изменения структуры. Новая структура имела вид:

• Руководство
• Секретариат
• 1-е Управление (агентурная разведка за границей)
• 2-е Управление (информация сухопутных войск и ВВС)
• 3-е Управление (военно-морская стратегическая разведка)
• 4-е Управление (войсковая разведка)
• 5-е Управление (военно-морская информация)
• 6-е Управление (военно-техническая информация)
• 7-е Управление
• Отдел разведывательной техники
• Отдел радиоразведки
• 7-й отдел (по изучению опыта действий германской и японской армий)
• Управление кадров
• Политотдел
• Вспомогательные и административно-хозяйственные подразделения