Руководство органами военной контрразведки осуществляло III Управление Федерального МВД.

• Управление военной контрразведки ФМВД по Западному ВО (с 5 сентября 1969 г.)
• Отдел военной контрразведки ФМВД по Западному ВО (до 5 сентября 1969 г.)
• Отдел военной контрразведки ФМВД по Центральному ВО (до 5 сентября 1969 г.)
• Отдел военной контрразведки ФМВД по Восточному ВО
• Отдел военной контрразведки ФМВД по 10-й воздушной армии
• Отдел военной контрразведки ФМВД по 7-й армии ПВО (с 1 января 1976 г. – командованию войск ПВО страны)
• Отдел военной контрразведки ФМВД по Главному управлению ПС и охраны государственных границ
• Отдел военной контрразведки ФМВД по Федеральному Министерству национальной обороны и ГШ ЧСНА (с 1988 г.)