• Секретариат министра (Sekretariat des Ministers – SdM)
• Общий отдел (Abteilung Allgemeines)
• Контрольная инспекция (Kontrollinspektion)
• Главный отдел I (военная контрразведка)
• Главный отдел II (контрразведка)
• Главный отдел III (защита народного хозяйства)
• Главный отдел V (борьба с политико-идеологической диверсией)
• Отдел VI (авиационная, оборонная и ядерная промышленность)
• Отдел VII (контрразведка в МВД)
• Отдел VIII (наружное наблюдение)
• Главный отдел IX (следственный)
• Отдел XI (шифровальный)
• Отдел XII (центральная картотека, архив)
• Главный отдел XIII (транспорт)
• Отдел XIV (тюремный)
• Главный отдел XV (разведка)
• Главный отдел личной охраны (HA Personenschutz – HA PS)
• Главный отдел кадров и обучения (HA Kader und Schulung – HA KaSch)
• Отдел «F» (радиоконтрразведка)

• Отдел «K» (оперативная техника)
• Отдел «M» (почтовый контроль)

• Отдел «O» (прослушивание)
• Отдел информации (Abteilung Information)
• Отдел агитации (Abteilung Agitation)
• Главное управление Немецкой пограничной полиции (Hauptverwaltung Deutsche Grenzpolizei)
• Управление оперативной полиции (Verwaltung Bereitschaftspolizei)
• Главный отдел транспортной полиции (Hauptabteilung Transportpolizei)
• Отдел линий связи и вооружения (Abteilung Nachrichtenverbindungen und Waffen – Abt. NuW)
• Главный административно-хозяйственный отдел (Hauptabteilung Verwaltung und Wirtschaft – HA V+W)
• Финансовый отдел (Abteilung Finanzen)
• Берлинский охранный полк (Wachregiment Berlin)
• Бюро центрального руководства Спортивным обществом «Динамо» (Büro der Zentralen Leitung der Sportvereinigung Dynamo)

Впоследствии структура МГБ претерпевала следующие изменения:

• Приказом МГБ №87/56 от 1 марта 1956 г. был создан отдел Х (сотрудничество с органами безопасности стран народной демократии)
• Приказом МГБ №14/56 от 8 июня 1956 г. была создана рабочая группа научно-технических оценок (Arbeitsgruppe Wissenschaftlich-technische Auswertung – AG WTA)
• 1 мая 1956 г. Главный отдел XV был преобразован в Главное управление разведки (Hauptverwaltung Aufklärung – HV A);
• 1 декабря 1956 г. решением комиссии по безопасности ЦК СЕПГ от 24 августа 1956 г. и приказом МГБ №354/56 от 12 октября 1956 г. на базе Главного отдела транспортной полиции, Главного управления Немецкой пограничной полиции и Управления оперативной полиции было создано Главное управление внутренней охраны (Hauptverwaltung Innere Sicherheit – HVIS);
• Приказом МГБ №272/56 от 29 августа 1956 г. на базе секретариата министра и общего отдела было создано Бюро руководства (Büro der Leitung – BdL);
• 21 февраля 1957 г. Главное управление внутренней охраны было передано в МВД ГДР;
• В феврале 1957 г. на базе подразделений Главного отдела V была создана рабочая группа безопасности (Arbeitsgruppe Sicherung);
• Приказом МГБ №225/57 от 3 июля 1957 г. Контрольная инспекция была преобразована в рабочую группу управления и контроля (AG Anleitung und Kontrolle);
• Приказом МГБ №335/57 от 1 ноября 1957 г. вместо должности заместителя министра по административно-хозяйственным вопросам было создано Главное управление закупок, поставок и обслуживания (Hauptverwaltung Beschaffung/Versorgung und Betreuung);
• В феврале 1958 г. рабочая группа безопасности была расформирована, ее функции переданы Главным отделам II и V;
• Приказом МГБ №153/58 от 19 мая 1958 г. отдел VIII был преобразован в Главный отдел;
• Приказом МГБ №182/58 от 17 июня 1958 г. был создан отдел «SVS» (защита государственной тайны);
• Приказом МГБ №38/59 от 29 января 1959 г. был создан отдел медицинской службы (Abteilung Medizinische Dienste);
• Приказом МГБ №48/59 от 29 января 1959 г. на базе подразделений отдела «K» и Главного управления разведки был создан отдел «L» (исследование и подделка личных документов);
• В январе 1959 г. отдел информации был преобразован в Центральную информационную группу (Zentrale Informationsgruppe)
• Приказом МГБ №51/59 от 2 февраля 1959 г. отдел VII был преобразован в Главный отдел;
• Приказом МГБ №395/59 от 12 октября 1959 г. был создан отдел «R» (Западные военные миссии в Берлине);
• В 1959 г. на базе Отдела A III Главного управления разведки был создан Отдел IV (диверсионный)
• Приказом МГБ №24/60 от 20 января 1960 г. был создан отдел XVI (Лагерь «X» – трудовой лагерь МГБ в Берлине);
• Приказом МГБ №25/60 от 29 января 1960 г. на базе особого реферата 4 Главного отдела II был создан Отдел XXI (внутренняя безопасность МГБ)
• Приказом МГБ №91/60 от 15 февраля 1960 г. отдел связи и вооружения был разделен на Отдел VII (вооружения и техники) Главного административно-хозяйственного отдела и самостоятельный Отдел линий связи (Abteilung Nachrichtenverbindungen) МГБ;
• Приказом МГБ №345/60 от 12 июля 1960 г. был создан отдел «Е» (применение оперативно-технических средств и документов);
• Приказом МГБ №374/60 от 25 июля 1960 г. отдел «К» разделен на отделы 31 (изучение, разработка и ремонт оперативной техники), 32 (естественнонаучная экспертиза) и 33 (НИОКР) и реферат закупок техники и материалов (Referat Technik-, Materialbeschaffung – TMB), отдел «L» был преобразован в отдел 35, для координации их работы создан Оперативно-технический сектор (Operativ-technischer Sektor – OTS). Кроме того, отдел «O» был преобразован в отдел 26, отдел линий связии – в отдел связи (Abteilung Nachrichten – N);
• В 1960 г. были созданы Рабочая группа Министра (Arbeitsgruppe des Ministers – AGM), Тюремная медицинская служба (Medizinischer Dienst im Haftkrankenhaus – Med. HKH);
• В 1961 г. были созданы Бюро руководства II (обеспечение связей СЕПГ с западными компартиями), отдел «PZF» (борьба с почтовой контрабандой, проверка почтовых посылок и бандеролей);
• Приказом МГБ №109/62 от 19 февраля 1962 г. отдел VI был включен в состав Главного отдела III.
• Приказом МГБ №446/62 от 4 августа 1962 г. была создана Рабочая группа паспортного контроля и розыска (Arbeitsgruppe Passkontrolle und Fahndung – APF), с включением в его состав отдела «R»;
• Приказом МГБ №468/62 от 9 августа 1962 г. Отдел «SVS» вошел в состав Рабочей группы управления и контроля;
• Приказом МГБ №539/62 от 1 сентября 1962 г. Рабочая группа научно-технических оценок была передана Отделу A V Главного управления разведки.
• Приказом МГБ №40/64 от 16 января 1964 г. Рабочая группа паспортного контроля и розыска была преобразована в Главный отдел (Hauptabteilung Passkontrolle und Fahndung – HPF);
• Приказом МГБ №104/64 от 30 января 1964 г. была создана Рабочая группа по обслуживанию пассажирского движения (Arbeitsgruppe Sicherung des Reiseverkehrs – ASR);
• Приказом МГБ №211/64 от 9 марта 1964 г. Главный отдел III получил номер XVIII, Главный отдел V – XX, а Главный отдел XIII – XIX. При заместителе министра, курировавшим эти отделы (Ф.Шредер, с 1975 г. – Р.Миттиг) для их обеспечения были созданы Рабочая группы оценок и рабочая группа «Е» (оперативной техники).
• В апреле 1964 г. на базе отдела VII Главного административно-хозяйственного отдела был создан самостоятельный Отдел вооружения и техники (Abteilung Waffen und Geräte – WuG) МГБ, была создана Рабочая группв министра/S (подготовка спецподразделений);
• 29 июня 1965 г. Высшая школа МГБ была преобразована в Высшую юридическую школу МГБ в Потсдаме-Эйке;
• Приказом МГБ №299/65 от 24 июля 1965 г. Центральная информационная группа была преобразована в Центральную оценочно-информационную группу (Zentrale Auswertungs- und Informationsgruppe);
• В 1965 г. был создан оперативный штаб при 1-м заместителе министра госбезопасности ГДР (Operativ-Stab beim 1. Stellvertreter des Ministers). В 1966 г. он был переименован в Постоянный оперативный штаб (Ständiger Operativstab beim 1. Stellvertreter des Ministers);
• 15 декабря 1967 г. Берлинскому охранному полку  было присвоено имя Ф.Э.Дзержинского;
• Приказом МГБ №30/68 от 31 июля 1968 г. рабочая группа управления и контроля вошла в состав Центральной оценочно-информационной группы, ее рабочая группа «SVS» была непосредственно подчинена МГБ и осенью того же года преобразована в Центральную рабочую группу по защите секретности (Zentrale Arbeitsgruppe Geheimnisschutz – ZAGG);
• Приказом МГБ №21/69 от 25 июня 1969 г. была создана рабочая группа XIII (компьютеры)
• В 1969 г. на базе реферата 5 Бюро руководства была создана Правовая часть (Rechtsstelle), отделы 31, 32, 33 и 35 вошли в состав Оперативно-технического сектора;
• Приказом МГБ №4/70 от 15 января 1970 г. на базе Главного отдела паспортного контроля и розыска, рабочей группы по обслуживанию пассажирского движения и реферата «А» Главного отдела VII был создан Главный отдел VI (пограничный контроль, туризм, пассажирское движение)
• В июле 1970 г. Постоянный оперативный штаб при 1-м заместителе министра был преобразован в Центральный оперативный штаб (Zentraler Operativstab – ZOS);
• В январе 1971 г. на базе подразделений бывшего Постоянного оперативного штаба была создана Служба III при 1-м заместителе министра (радиоразведка и РЭБ); 1 июля 1971 г. приказом МГБ №20/71 от 26 июня 1971 г. она была преобразована в Отдел III;
• В 1971 г. был создан секретариат Министра, на базе подразделений отдела XII и розыскного отдела бывшего Постоянного оперативного штаба – Розыскная группа (Fahndungsführungsgruppe – FFG);
• Приказом МГБ №13/72 от 27 апреля 1972 г. на базе информационного центра отдела агитации была создана рабочая группа общественных связей (Arbeitsgruppe Öffentliche Verbindungen – AÖV);
• 1 июня 1972 г. была создана рабочая группа XVII (бюро по въездам в ГДР в Западном Берлине)
• 1 сентября 1972 г. рабочая группа XIII была преобразована в отдел;
• Приказом МГБ №37/72 от 1 сентября 1972 г. отдел вооружения и техники преобразован в отдел вооружения и химической службы (Abteilung Bewaffnung und Chemischer Dienst – BCD);
• В 1972 г. было создано Берлинское Народное предприятие обработки информации (Volkseigener Betrieb Informationsverarbeitung Berlin – VEB IVB);
• В 1973 г. был создан Институт научно-технического развития (Institut für wissenschaftlich-technische Entwicklung – IWTE)
• Приказом МГБ №5/74 от 1 февраля 1974 г. Главное управление закупок, поставок и обслуживания было преобразовано в Управление службы тыла (Verwaltung Rückwärtige Dienste – VRD) с включением в его состав Главного административно-хозяйственного отдела и Финансового отдела;
• Приказом МГБ №26/74 от 31 августа 1974 г. отдел IV был преобразован в отдел IV/S с включением в его состав Рабочей группы министра/S;
• В 1974 г. на базе отдела медицинской службы и Тюремной медицинской службы создана Центральная медицинская служба (Zentraler Medizinischer Dienst – ZMD), Берлинское Народное предприятие обработки информации подчинено отделу XIII;
• 1 июня 1975 г. приказом МГБ №11/75 от 20 мая 1975 г. Финансовый отдел Управления службы тыла был вновь преобразован в самостоятельный Финансовый отдел МГБ ГДР.
• В 1975 г. был создан отдел XXII (борьба с терроризмом), отдел XVI и лагерь X расформированы;
• В конце 1975 г. была создана Центральная координационная группа (Zentralen Koordinierungsgruppe – ZKG, вопросы борьбы с незаконным пересечением государственной границы);
• 15 февраля 1978 г. отдел IV/S был вновь разделен на отдел IV (саботаж и диверсии в операционной области) и рабочую группу министра/S;
• Приказом МГБ №6/80 от 1 апреля 1980 г. отдел XXI и Бюро руководства II были включены в состав Главного отдела II и преобразовано в отделы II/1 и II/19 соответственно;
• Приказом МГБ №1/83 от 15 января 1983 г. отдел III был объединен с отделом «F» и преобразован в Главный отдел III;
• В марте 1983 г. рабочая группа общественных связей вернулась в состав отдела агитации;
• Приказом МГБ №14/83 от 1 сентября 1983 г. была создана рабочая группа по службе коммерческой координации (Arbeitsgruppe Bereich Kommerzielle Koordinierung – AG BKK) [1]
• Приказом МГБ №6/85 от 30 апреля 1985 г. отдел агитации вошел в состав Центральной оценочно-информационной группы и преобразован в Службу ZAIG/6;
• Приказом МГБ №20/83 от 20 декабря 1983 г. отдел «PZF» вошел в состав отдела «М»;
• Приказом МГБ №12/85 от 13 июня 1985 г. отдел «Е» вошел в состав Оперативно-технического сектора;
• В 1985 г. была создана Рабочая группа министра/B (строительство бункеров);
• 1 января 1987 г. приказом МГБ №21/86 от 15 декабря 1986 г. отдел IV был передан в Главное управление разведки и преобразован в отдел A XVIII;
• Приказом МГБ №4/87 от 19 марта 1987 г. Розыскная группа была включена в состав Главного отдела VII и преобразована в отдел VII/14;
• 1 января 1988 Приказом МГБ №16/87 от 23 ноября 1987 г. Институт научно-технического развития вошел в состав Оперативно-технического сектора;
• 1 апреля 1988 г. приказом МГБ №4/88 от 13 апреля 1988 г. Рабочая группа министра/S была преобразована в отдел XXIII;
• В 1988 г. Рабочая группа Министра/«B» вошла в состав Рабочей группы Министра;
• 1 марта 1989 г. приказом МГБ №3/89 от 25 января 1989 г. отделы XXII и XXIII были объединены в Главный отдел XXII;

Таким образом на момент расформирования в ноябре 1989 г. МГБ имело следующую структуру:

• Секретариат Министра
• Бюро руководства
• Рабочая группа Министра
• Центральный оперативный штаб
• Правовая часть
• Главное управление разведки
• Главный отдел I (военная контрразведка)
• Главный отдел II (контрразведка)
• Главный отдел III (радиоразведка, радиоконтрразведка и РЭБ)
• Главный отдел VI (пограничный контроль, туризм, пассажирское движение)
• Главный отдел VII (контрразведка в МВД)
• Главный отдел VIII (наружное наблюдение)
• Главный отдел IX (следственный)
• Отдел X (сотрудничество с органами безопасности стран народной демократии)
• Отдел XI (шифровальный)
• Отдел XII (центральная картотека, архив)
• Отдел XIII (компьютерный)
• Отдел XIV (тюремный)
• Рабочая группа XVII (бюро по въездам в ГДР в Западном Берлине)
• Главный отдел XVIII (защита экономики)
• Главный отдел XIX (транспорт)
• Главный отдел XX (борьба с политико-идеологической диверсией)
• Главный отдел XXII (борьба с терроризмом)
• Главный отдел личной охраны
• Главный отдел кадров и обучения
• Оперативно-технический сектор
• Отдел «M» (почтовый контроль)
• Отдел 26 (прослушивание)
• Рабочая группа «Е» (оперативно-техническое обеспечение Главных отделов XVIII, XIX и XX)
• Центральная оценочно-информационная группа
• Центральная рабочая группа по защите секретности
• Рабочая группа по службе коммерческой координации
• Центральная координационная группа
• Управление службы тыла
• Центральная медицинская служба
• Отдел вооружения и химической службы
• Отдел связи
• Финансовый отдел
• Берлинский охранный полк «Феликс Э.Дзержинский»
• Бюро центрального руководства Спортивным обществом «Динамо»

Помимо перечисленных подразделений, к центральному аппарату МГБ относились аппараты заместителей министра (секретариаты, рабочие группы и др.).

[1] Служба коммерческой координации (Bereich Kommerzielle Koordinierung) при Министерстве внешней торговли руководила коммерческими предприятиями ГДР на Западе. Фактически подчинялась секретарю ЦК СЕПГ Г.Миттигу;