Самостоятельных органов военной контрразведки в МГБ ГДР не существовало, непосредственно в войсках действовал ряд отделов центрального аппарата Главного отдела I. В армии военную контрразведку в целях конспирации называли Управлением 2000.

Отделы по видам вооруженных сил:

• Отдел I/4 – I/ВМС (с 19 октября 1960 г. – Народные ВМС)
• Отдел I/5 – I/ВВС и ПВО

Отделы по Военным округам:

• Отдел I/2 – I/Военный округ V
• Отдел I/3 – I/Военный округ III

Пограничные войска:

• Отдел по пограничному командованию

В мае 1966 г. на базе Отдела по пограничному командованию были созданы Службы разведки и контрразведки, каждая из которых имела собственные отделы в пограничных командованиях.