22 мая 1947 г. на базе управления округа было создано Главное командование войск Дальнего Востока. На базе войск округа были сформированы 1-я отдельная Краснознаменная армия и Забайкальский ВО. В состав войск вошли также Приморский и Дальневосточный ВО, 37-й гв. вдк, 5-й и 7-й ВМФ, Амурская военная флотилия и Дальневосточный округ ПВО, в оперативном отношении Главному командованию были подчинены 2-й смешанный авиакорпус Резерва ВГК и 3-я ВА дальней авиации. Впоследствии авиация и части ПВО командования подвергались реорганизации. Управление – в Хабаровске.

Начальники:
1. ВАДИС Александр Анатольевич (май – октябрь 1946 г.), генерал-лейтенант;
ФРОЛОВ Андрей Петрович (2 апреля 1947 – март 1953 г.), генерал-майор;

А.А.Вадис	А.П.Фролов

Заместители начальника:
ЧУГУНОВ Василий Иванович (май 1946 – 22 мая 1947 г.), полковник;
САМОГОРОДСКИЙ Борис Михайлович (май 1946 – 22 мая 1947 г.), полковник;
КОНОНЕНКО Диомид Дмитриевич (7 сентября 1949 – ноябрь 1950 г.), полковник;
ВУЛ Алексей Моисеевич (30 декабрь 1950 – 26 октября 1951 г.), генерал-майор;
ГОРЯИНОВ Евгений Николаевич (26 октября 1951 – март 1953 г.), генерал-майор;
МЕЛЬНИКОВ Григорий Александрович (13 ноября 1952 – март 1953 г.), генерал-майор;

В.И.Чугунов	Б.М.Самогородский	А.М.Вул
Е.Н.Горяинов	Г.А.Мельников

Подчиненные органы:

В 1946 – 1947 г.:

• ОКР МГБ по 6-й гв. механизированной армии
• ОКР МГБ по 1-й Краснознаменной армии

• ОКР МГБ по 36-й армии
• ОКР МГБ по 12-й воздушной армии

С 1947 г.

• УКР МГБ по ЗабВО
• УКР МГБ по ПримВО
• УКР МГБ по ДВО
• ОКР МГБ по Дальневосточному округу ПВО
• ОКР МГБ 5-го ВМФ
• ОКР МГБ 7-го ВМФ