Управление войск НКВД охраны тыла Брянского фронта сформировано 14 января 1942 г., войска (3 пограничных полка) были переданы из состава войск НКВД по охране тыла Юго-Западного фронта. К охране тыла приступили 20 января 1942 г. 20 октября 1943 г. фронт был переименован во 2-й Прибалтийский (Управление переименовано приказом НКВД от 31 октября 1943 г.) 1 апреля 1945 г. фронт был расформирован, Управление приняло под свою охрану тыл Ленинградского фронта (прежнее Управление войск НКВД по охране тыла Ленинградского фронта в сентябре 1944 г. было преобразовано в Управление пограничных войск НКВД Ленинградского округа). 9 июля 1945 г. выведено в резерв Главного управления войск НКВД по охране тыла ДКА.

Начальники войск:
ПАНКИН Иван Сергеевич, полковник, с 3 мая 1942 г. – генерал-майор;
АБЫЗОВ Владимир Алексеевич, генерал-майор;

Заместители начальника войск по оперативно-чекистской работе:
ИЛЬИН Федор Климентьевич (на июнь 1942 г.), майор ГБ;

Заместители начальника войск по разведке:
?

Начальники штаба:
АЛКАЕВ Николай Павлович, полковник

Состав:

• 17-й Краснознаменный пограничный полк
• 18-й пограничный полк (охранял тыл 3-й армии)
• 38-й пограничный полк (охранял тыл 61-й армии)

Полки приступили к охране тыла 20 января 1942 г. Впоследствии в состав войск вошел также 90-й пограничный полк.