Эстонская ССР вошла в состав СССР 6 августа 1940 г., наркомат образован 29 августа 1940 г. приказом НКВД № 001067.

После оставления республики Красной Армией, НКВД республики прекратил свое существование, в марте 1944 г. был восстановлен. В 1940-х гг. НКВД – МВД подчинялся Уполномоченному НКВД-НКГБ (МВД-МГБ) по Эстонской ССР.

При разделении органов внутренних дел и госбезопасности из состава НКВД-МВД формировались:

• НКГБ Эстонской ССР (1941 г.)
• КГБ при СМ Эстонской ССР (с 1954 г.)

Наркомы – министры:
1. КУММ Борис Гансович (11 сентября 1940 – 26 февраля 1941 г.), со 2 января 1941 г. – старший майор ГБ;
2. МУРРО Андрей (Андрес) Андреевич (26 февраля – 31 июля 1941 г.), с 29 марта 1941 г. – старший майор ГБ;
3. КУММ Борис Гансович (31 июля – 18 ноября 1941 г.), старший майор ГБ;
4. РЕЗЕВ Александр Иоганнесович (24 марта 1944 – 3 февраля 1951 г.), с 3 апреля 1944 г. – комиссар ГБ, с 9 июля 1945 г. – генерал-майор;
5. ЛОМБАК Иоганн Яковлевич (3 февраля 1951 – 16 марта 1953 г.), генерал-майор;
6. МОСКАЛЕНКО Валентин Иванович (16 марта – 23 мая 1953 г.), полковник ГБ;
7. КРАССМАН Михаил Кузьмич (23 мая – 2 сентября 1953 г.), подполковник ГБ;
8. ЛОМБАК Иоганн Яковлевич (2 сентября 1953 – сентябрь 1959 г.), генерал-майор;
9. ПОРК Август Петрович (сентябрь 1959 – июнь 1961 г.), комиссар милиции 3-го ранга;
10. АНИ Вальтер Фрицевич (19 июня 1961 – 27 марта 1979 г.), генерал-лейтенант внутренней службы;
11. ТИБАР Марко Оскарович (27 марта 1979 – 17 апреля 1990 г.)

Б.Г.Кумм	А.А.Мурро	А.И.Резев
И.Я.Ломбак	В.И.Москаленко	М.К.Крассман
А.П.Порк	В.Ф.Ани	М.О.Тибар

1-е заместители наркома – министра:
ШКУРИН Алексей Калинникович (11 сентября 1940 – 1941 г.), старший лейтенант ГБ;
ГУЛЬСТ Вениамин Наумович (15 августа 1941 – август 1942 г.), старший майор ГБ [1];
ИВАНОВ Иона Иванович (9 июля 1949 – 29 декабря 1951 г.), комиссар милиции 2-го ранга;
ШЕВЧЕНКО Василий Федорович (1 января 1952 – 5 июня 1962 г.), полковник;
АНИСИМОВ Павел Васильевич (1962 – 1967 г.), полковник внутренней службы;
НЯЯР Эдмунд Мартинович (на январь 1970 – 26 сентября 1973 г.) [2]
МАРТИН Александр Михайлович (на 1978 г.)
ЕПИФАНОВ Виталий (1980 – 1988 г.)

2-е заместители наркома – министра:
МУРРО Андрей (Андрес) Андреевич (11 сентября 1940 – 26 февраля 1941 г.);

Заместители наркома – министра:
ПАЮ Элмар (1941 г.)
КИСЕЛЕВ Виктор Павлович (на май 1945 г.), полковник ГБ;
БАРАННИКОВ Алексей;
ГРАЧЕВ Николай;
СМИРНОВ Алексей Николаевич (15 января 1945 – 1 февраля 1950 г.);
САНЧУК Николай (18 ноября 1947 – 11 января 1950 г.);
ЧЕРНОВ Александр Васильевич (23 марта – 23 мая 1953 г.), подполковник ГБ или полковник ГБ;
ГАВРИЛОВ Александр Григорьевич (6 апреля – 23 мая 1953 г.);
КЛАУСЕПП Юлиус (23 мая 1953 – 12 июля 1954 г.);
НЕЕЛУС Эдуард Карлович (23 мая 1953 – ... г.);
КАРПОВ Иван Прокофьевич (20 января – 27 марта 1954 г.), подполковник ГБ или полковник ГБ;
ВЛАСОВ Николай;
ЛЕХМУС Э. (на март 1960 г.), подполковник;
АНИСИМОВ Павел Васильевич (1961 – 1962 г.), подполковник внутренней службы;
НЯЯР Эдмунд Мартинович (на 1963 – 1969 г.);
КИКАС Александр Августович (1967 – 1973 г.), комиссар милиции 3-го ранга;
МАРТИН Александр Михайлович (на 1969 – 1973 г.), комиссар милиции 3-го ранга;
МЫТТУС Альфред Янович (60-е гг.);
ВОЛКОВ Евгений Ефимович (15 августа 1973 – ... г.);
ЯАСКА Арвид Августович (на 1985 г.), генерал-майор;

Заместители наркома – министра по милиции:
(В октябре 1949 – марте 1953 г. должности не существовало в связи с передачей милиции в МГБ. С марта 1953 г. – заместители министра – начальники Управления милиции МВД)
МУРРО Андрей (Андрес) Андреевич (15 – 29 августа 1941 г.), старший майор ГБ [3];
КАЛВО Арвед Эдуардович (1944 – 1948 г.), полковник милиции;
ГОНЯЕВ Иван Федорович (1948 – 1949 г.), полковник милиции, с 4 ноября 1948 г. – комиссар милиции 3-го ранга;
ПОРК Август Петрович (июнь 1953 – 1958 г.), полковник ГБ, полковник;
КИКАС Александр Августович (1959 – 1967 г.), полковник;
ВАЛКОНЕН Александр Э. (1967 – на август 1968 г.), полковник;

Заместители наркома – министра по кадрам:
ХАНССОН Карл (1941 г.)
ИВАНОВ Александр Георгиевич (на май 1945 г.)
НАРУСОН Александр (23 мая 1953 – ... г.)
ЛЕМБИНЕН Вильям (на 1982 – 1987 г.)

А.К.Шкурин	В.Н.Гульст	И.И.Иванов	Э.М.Няяр	В.Епифанов
А.А.Мурро	Н.Санчук	Э.К.Неелус	И.П.Карпов	Н.Власов
А.А.Кикас	А.М.Мартин	А.Я.Моттус	Е.Е.Волков	А.А.Яаска
А.Э.Калво	А.П.Порк	В.Лембинен

МВД Эстонской ССР в марте 1953 – марте 1954 г.: (см.)

Территориальные органы:

В 1952 – 1953 г. территория республики была разделена на области.

• УМВД по Пярнуской области
• УМВД по Таллинской области
• УМВД по Тартуской области

Источники: Н.В.Петров, К.В.Скоркин Кто руководил НКВД, 1934–1941; Н.В.Петров, Кто руководил органами госбезопасности, 1941 – 1954 : Справочник;

[1] Т.к. НКВД республики в этот период фактически не функционировал, В.Н.Гульст выполнял ответственные задания в Астрахани, Саратове и на Северном Кавказе;
[2] Скончался;
[3] Погиб при эвакуации из Таллина.