Начальники:
1. ЕРМОЛАЕВ Николай Дмитриевич (апрель 1943 – 4 апреля 1945 г.), комиссар ГБ, с 24 июля 1943 г. – генерал-майор береговой службы;
2. ВИНОГРАДОВ Валентин Васильевич (4 апреля 1945 – май 1946 г.), генерал-майор береговой службы;

Н.Д.Ермолаев	В.В.Виноградов

Заместители начальника:
СМИРНОВ Георгий Николаевич (апрель 1943 - на 1945 г.), полковник;
СОКОЛОВ Сергей Николаевич (на март 1944 г.), полковник;
УТЯНОВ Илья Максимович (на декабрь 1945 г.), полковник;

Подчиненные органы:

• ОКР СМЕРШ по эскадре ЧФ
• ОКР СМЕРШ по 1-й бригаде ПЛ
• ОКР СМЕРШ по 2-й бригаде ПЛ
• ОКР СМЕРШ по ВВС ЧФ

• ОКР СМЕРШ по Констанцской ВМБ (с 1944 г.)
• ОКР СМЕРШ по Новороссийской ВМБ
• ОКР СМЕРШ по Одесской ВМБ
• ОКР СМЕРШ по Потийской ВМБ
• ОКР СМЕРШ по Севастопольской ВМБ

• ОКР СМЕРШ по Туапсинской ВМБ
• ОКР СМЕРШ по Кавказскому морскому оборонительному району

• ОКР СМЕРШ по Крымскому морскому оборонительному району
• ОКР СМЕРШ по Северо-Западному морскому оборонительному району