• Секретариат
• 1-е Управление (Англия, США)
• 2-е Управление (Европа)
• 3-е Управление (Ближний и Дальний Восток)
• 4-е Управление (нелегальная разведка)
• 5-е Управление (информация и дезинформация)
• 6-е Управление (военная разведка)
• 7-е Управление (шифровальное)
• 1-й отдел (внешней контрразведки) [1]
• 2-й отдел (эмиграция, перемещенные лица)
• Отдел оперативной техники
• Отдел связи
• Отдел кадров
• Особая инспекция
• Административно-хозяйственный отдел
• Финансовый отдел

25 июня 1947 г. при КИ было создано Бюро по выездам и въездам при Совете Министров СССР.

В январе – феврале 1949 г. военная разведка была возвращена в подчинение Генштаба, где было восстановлено 2-е Главное управление (ГРУ), 1 июня 1949 г. Бюро по выездам и въездам при Совете Министров СССР при КИ было преобразовано в Комиссию по выездам за границу при ЦК ВКП(б), 6-е Управление КИ было ликвидировано. В конце 1949 г. 2-й отдел был передан в МГБ, где на его базе 17 октября 1949 г. было создано 1-е Управление (внешней контрразведки). Также в 1948 – 1949 гг. 7-е Управление КИ было преобразовано в отдел шифросвязи.

Предположительно, в 1950 г. на базе 5-го отдела 1-го Управления был создан 2-й отдел (научно-технической разведки)

2 ноября 1951 г. все разведывательные функции КИ и разведаппараты за рубежом были переданы в МГБ. После 1953 г. в структуру КИ входили географические отделы (США и Латинской Америки, Европы, Азии), отдел печати, служба дезинформации, вспомогательные подразделения (отдел кадров и др.). Подробная эволюция структуры в этот период здесь не рассматривается.

[1] Предположительно

Источники: Н.В.Петров, Кто руководил органами госбезопасности, 1941 – 1954 : Справочник; А.И.Колпакиди, Д.П.Прохоров, Внешняя разведка России; Е.Жирнов, Наши досье при ликвидации комитета были уничтожены