Руководство:

Начальник (председатель) территориального органа КГБ как правило имел одного 1-го заместителя и нескольких обычных заместителей. Кроме того, руководители наиболее важных подразделений также могли являться заместителями председателя по совместительству.  В конце 50-х – начале 60-х гг. должности 1-х заместителей председателя КГБ союзных республик (за исключением КГБ при СМ Украинской ССР) были ликвидированы и восстановлена только в 1976 г. В 50-е гг. (предположительно – до 1959 г.) заместителем начальника (председателя) территориального органа КГБ являлся начальник 1-го спецотдела (контрразведывательное обслуживание атомной промышленности). Известно о существовании такой должности в КГБ при СМ Таджикской ССР и УКГБ по Свердловской области. По всей видимости, учитывая важность атомной проблематики, она существовала и во всех остальных органах, в которых имелся 1-й спецотдел.

В 1954 г. в КГБ при СМ союзных республик был введен институт членов КГБ – коллективный орган руководства, аналогичный институту членов КГБ при СМ СССР. В 1959 г. они были преобразованы в Коллегии, также Коллегии были созданы в КГБ при СМ автономных республик. В 1961 г. в 30 наиболее крупных территориальных УКГБ были созданы Советы при начальнике. В отличии от Коллегий Советы не имели права принятия решений и являлись исключительно совещательными органами. В 1973 г. Совет при начальнике УКГБ по г.Москва и Московской области был преобразован в Коллегию. В дальнейшем, Коллегии были созданы и в ряде других УКГБ.

Структура:

Структура территориальных органов повторяла центральный аппарат, но в меньшем масштабе – Главкам и Управлениям центрального аппарата соответствовали подразделения с тем же номером но меньшего уровня – как правило, отделы, службы и, в наиболее крупных органах – Управления. В состав территориальных органов не входили 3-е (военная контрразведка) и 6-е (транспорт) подразделения, т.к. обслуживаемые ими объекты – объединения Вооруженных Сил и железные дороги – располагались независимо от административного деления страны. В 1959 г. органы КГБ по железным дорогам, обслуживающими один регион, были преобразованы в 6-й отделы соответствующих УКГБ – КГБ. В 1983 г., после того, как на 3-е Главное управление КГБ СССР было возложено контрразведывательное обеспечение органов МВД, на местах также были созданы 3-и отделы – Управления.