Авиационный отдел был создан в апреле 1966 г. на базе Авиационной службы 1-го отдела штаба ГУПВ КГБ при СМ СССР. Первоначально входил в состав штаба, осенью 1967 г. был выведен в непосредственное подчинение ГУПВ.

Начальники:
1. ВОЛОДИН Анатолий Иванович (27 апреля 1966 – 22 сентября 1977 г.), полковник, с 15 июня 1971 г. – генерал-майор авиации;
2. РОХЛОВ Николай Алексеевич (октябрь 1977 – декабрь 1991 г.), полковник, с мая 1979 г. – генерал-майор авиации, с 1991 г. – генерал-лейтенант авиации;

А.И.Володин	Н.А.Рохлов

Заместители начальника:
ИОНЕСЯН Георгий Сергеевич (на 1969 – 1974 г.), полковник;
ВАНЮШИН Игорь Иванович (1975 – ... г.)
ЕВДОКИМОВ Александр Николаевич (1980 – 1986 г.), полковник;
ШАТОХИН Юрий Иванович (1986 – 1989 г.), полковник;
ЕВДОКИМОВ Александр Николаевич (1989 – 1991 г.), полковник, с 15 февраля 1989 г. – генерал-майор авиации;

Заместители начальника по инженерно-авиационной службе:
1. БАГРЕЦОВ А. (1966 – 1967 г.), инженер-полковник;
2. ТУМАНОВ Николай Иванович (1967 – 1981 г.), полковник;
3. ЗНОСОК Степан Иванович (1981 – 1984 г.), полковник;
4. КЛЮЧНИК Иван Митрофанович (1984 – 1991 г.), полковник-инженер;

А.Н.Евдокимов	Ю.И.Шатохин	И.М.Ключник

Структура:

• Служба безопасности полетов
• Штурманская служба
• Авиационная поисково-спасательная служба
• Инженерно-авиационная служба