Сформировано 27 июня 1941 г. на базе УПВ НКВД Прибалтийского округа. 17 февраля 1944 г. фронт переименован во 2-й Белорусский (Управление переименовано 28 февраля 1944 г.), 5 апреля 1944 г. фронт расформирован. 5 мая 1944 г. Управление приняло под охрану тыл 2-го Белорусского фронта II формирования. 10 июня 1945 г. этот фронт был преобразован в Северную группу войск  (Управление переименовано приказом НКВД №00805 от 9 июля 1945 г.).

Начальники войск:
1. РАКУТИН Константин Иванович (26 июня – июль 1941 г.), генерал-майор;
2. ГОРБАТЮК Иван Маркович (июль 1941 г.), подполковник;
3. ГОЛОВКО Андрей Сидорович (июль 1941 – ноябрь 1942 г.), полковник, с 3 мая 1942 г. – генерал-майор [1];
ГОРБАТЮК Иван Маркович (18 мая – 13 сентября 1943 г.), генерал-майор;
РОГАТИН Владимир Тарасович (14 сентября 1943 – 1945 г.), генерал-майор;

К.И.Ракутин	И.М.Горбатюк	В.Т.Рогатин

Начальники штаба войск:
КРЫЛОВСКИЙ Михаил Тимофеевич (на июнь 1942 г.), полковник;

Военные комиссары:
(с октября 1942 г. – заместители начальника войск по политической части – начальники политического отдела)
ШЛЯХТИН Марк Дмитриевич (на июль 1945 г.), полковник;

Заместители начальника войск по разведке:
(Должность была введена 12 января 1943 г.)
?

Заместители начальника войск по оперативно-чекистской работе:
(Должность была введена 28 апреля 1942 г., упразднена 12 января 1943 г.)
1. КИРЮШИН Иван Михайлович (28 апреля 1942 – 28 января 1943 г.), капитан ГБ;

И.М.Кирюшин

Состав:
(на июнь 1942 г.)

• 9-й пограничный полк

• 11-й пограничный полк

• 12-й пограничный полк

В 1943 г. было начато формирование 133-го пограничного полка.

На июль 1945 г.:

• 90-й пограничный полк

• 218-й пограничный полк

• 334-й пограничный полк

Численность:

[1] 3 января – 18 мая 1943 г. и.д. начальника войск – полковник, с 21 апреля 1943 г. – генерал-майор И.М.Горбатюк