• Руководство (начальник, заместитель начальника по оперативным вопросам, заместитель начальника по следствию – начальник следственной части, помощник начальника, секретарь парткома)
• Особоуполномоченный
• Секретариат
  • Машгруппа
  • Шифровальное отделение или группа
  • Оперативно-учетное отделение или учетная группа
  • Финансовая группа
• 1-е отделение (обслуживание штаба фронта)
• 2-е отделение (военно-воздушные части фронта)
• 3-е отделение (артиллерийские, танковые, инженерные, саперные части, подразделения связи, отдельные части фронтового подчинения)
• 4-е отделение (руководство и контроль за деятельностью подчиненных Особых отделов армий и бригад, организация заградительной работы)
• 5-е отделение (тыловые части, подразделения, подчиненные штабу фронта)
• 6-е отделение (контрразведывательная и зафронтовая работа)
• Следственная часть
• Отделение кадров
• Комендатура
  • Гараж
  • КПЗ
  • Бюро пропусков

На отдельных фронтах существовало также 7-е отделение (инженерно-саперные части)

Штатная численность по состоянию на октябрь 1941 г. составляла 99 – 141 чел.