Железная дорога создана в мае 1956 г. в результате разделения Балтийской железной дороги (см. УКГБ) на Литовскую, Латвийскую (см. УКГБ) и Эстонскую. Обслуживала территорию Литовской ССР. Управление дороги и УКГБ – в Вильнюсе. В августе – сентябре 1959 г. УКГБ было преобразовано в отдел.

Начальники:
1. МАТУЛАЙТИС Ионас Казимирович (12 июля 1956 – 20 марта 1960 г.), подполковник;