Сформировано 30 января 1942 г. приказом НКВД СССР №00158 от 20 января 1942 г из состава Управления войск НКВД  по охране тыла Южного Фронта. Приказом НКВД №00954 от 9 мая 1942 г. в связи с ликвидацией Волховского фронта и образованием Волховского направления Ленинградского фронта, управление было расформировано, на его базе сформирована оперативная группа войск НКВД по охране тыла Волховского направления Ленинградского фронта в подчинении войск НКВД по охране тыла Ленинградского фронта (штат №040). 29 июня 1942 г. приказом НКВД СССР  №001289 от 19.июня 1942 г. оперативная группа была расформирована, 25 июня 1942 г. тем же приказом было восстановлено Управление войск НКВД по охране тыла Волховского фронта (штат №044). Приказом НКВД СССР №00518 от 30 апреля 1944 г. оно было переименовано в Управление войск НКВД по охране  тыла 3-го Прибалтийского фронта. 7 ноября 1944 г. в полном составе без изменения структуры включено в Белостокскую оперативную группу войск НКВД. 19 января 1945 г. приказом НКВД СССР №0023 от 13 января 1945 г. расформировано, личный состав передан на укомплектование 63-й стрелковой дивизии ВВ НКВД.

Управление дислоцировалось в пос. Глубокий Каменского района Ростовской обл., с февраля 1942 г. – г.Малая Вишера Ленинградская обл., с сентября 1942 г. – в д.Подбережье Дрегельского р-на Ленинградской обл., с января 1944 г. – вновь в Малой Вишере, с февраля 1944 г. – в д.Дорожно Мстинского р-на Ленинградской обл., с мая 1944 г. – в г.Порхов и с.Подоклинье Порховского р-на Ленинградской обл., с августа 1944 г. – в г. Качанава, с ноября 1944 г. – в г.Белосток (Польша).

Начальники войск:
1. ВЕЛИКАНОВ Николай Павлович (1 февраля 1942 – 26 октября 1944 г.), полковник, с 28 апреля 1943 г. – генерал-майор;
2. ВОЙТЕЦКИЙ Виталий Андреевич (27 октября 1944 – 19 января 1945 г.), полковник;

Н.П.Великанов

Начальники штаба:
1. СЕМЕНЕНКО Иван Иванович (24 мая 1942 – 25 января 1944 г.), подполковник;
2. ЕФРЕМОВ Василий Николаевич (26 января – 16 июля 1944 г.)
3. ГУНЗИЛОВИЧ Сергей Степанович (17 июля 1944 – 19 января 1945 г.)

И.И.Семененко

Военные комиссары:
(с октября 1942 г. – заместители начальника войск по политической части – начальники политического отдела)
ЗВОНОВ Н.П. (20 января 1942 – ... г.)

Заместители начальника войск по разведработе:
?

Заместители начальника войск по оперативно-чекистской работе:
(Должность была введена 28 апреля 1942 г., упразднена 12 января 1943 г.)
САВИЦКИЙ Владимир Петрович (... – 24 июня 1942 г.), майор;
КЛОЧКОВ Виктор Иванович (24 июня 1942 – ... г.), капитан ГБ;

Состав:

• 10-й пограничный полк
• 105-й пограничный полк
• 108-й пограничный полк
• 220-й пограничный полк
• 9-й отдельный батальон связи
• 103-я отдельная рота связи
• Нештатная школа по переподготовке младшего начсостава

В оперативном отношении Управлению были подчинены 137-й и 138-й стрелковые полки 5-й дивизии ВВ НКВД

6 марта 1944 г. 105-й пограничный полк был передан в состав войск НКВД по охране тыла Ленинградского фронта. 5 мая 1944 г. он был возвращен и 14 марта 1945 г. был передан в войска НКВД по охране тыла 1-го Белорусского фронта.

Источник: Форум Поисковых Движений, Юрий Игнатенко