Управление создано 26 июня 1941 г. на базе УПВ НКВД Молдавской ССР. 28 июля 1942 г. расформировано.

Начальники войск:
1. НИКОЛЬСКИЙ Николай Петрович (27 июня – ... 1941 г.), генерал-майор;
БОРИСОВ З.И.
СОКОЛОВ
ФАДЕЕВ Сергей Максимович (май – июль 1942 г.), полковник;

Н.П.Никольский	С.М.Фадеев

1-е заместители начальника войск – начальники штаба:
АНТОНОВ Константин Акимович (1942 г.), полковник;

Заместители начальника войск по оперативно-чекистской работе:
ТРУБНИКОВ Владимир Матвеевич

К.А.Антонов