Вышестоящий орган НКВД:

• ОО НКВД по Северному – Ленинградскому фронту (до 1 сентября 1941 г.)
• ОО НКВД по Карельскому фронту (1 – 24 сентября 1941 г.)

С 24 сентября 1941 г. – отдельная армия;

Начальники:
1. ПАВЛОВ Илья Семенович (июль – сентябрь 1941 г.), бригадный комиссар;
2. БЫСТРОВ Александр Семенович (2 – 26 сентября 1941 г.), капитан ГБ;
3. МЕЛЬНИКОВ Дмитрий Иванович (26 сентября – 17 декабря 1941 г.), майор ГБ;
ДОБРОВОЛЬСКИЙ Илья Петрович (февраль 1942 – ... г.)

И.С.Павлов	А.С.Быстров	Д.И.Мельников	И.П.Добровольский

Заместители начальника:
БЫСТРОВ Александр Семенович (июль – 2 сентября 1941 г.), старший батальонный комиссар, капитан ГБ;

А.С.Быстров

Подчиненные органы:

• ОО НКВД по 54-й стрелковой дивизии
• ОО НКВД по 71-й стрелковой дивизии
• ОО НКВД по 168-й стрелковой дивизии
• ОО НКВД по 237-й стрелковой дивизии
• ОО НКВД по 26-му укрепленному району
• ОО НКВД по 55-й смешанной авиадивизии

Боевой путь армии в июле 1941 – апреле 1943 г.: В начале войны армия вела оборонительные бои против финских войск в Карелии. Левофланговые дивизии армии, развернутые на широком фронте, были вынуждены отходить под ударами превосходящих сил противника. Получив на усиление ряд соединений и частей, армия к 30 июля остановила наступление противника на рубеже Поросозеро – Шотозеро – река Тулокса (25 км северо-западнее г. Олонец). В августе – сентябре армия вела ожесточенные бои с группировкой противника, наступавшей северо-восточнее Ладожского озера. В середине сентября 1941 г. войска армии, оборонявшиеся на ухтинском и ребольском направлениях, были переданы в состав вновь сформированной Кемской оперативной группы Карельского фронта, а 25 сентября армия была выведена из состава фронта и переименована в 7-ю отдельную армию с непосредственным подчинением Ставке ВГК. В середине октября 1941 г. ее войска, действовавшие на медвежьегорском и кондопожском направлениях, были выделены в Медвежьегорскую оперативную группу Карельского фронта. С этого времени армия обороняла рубеж по реке Свирь между Онежским и Ладожским озерами и периодически вела наступательные бои с целью улучшения занимаемого положения.